SK Kiandongo adalah sebuah sekolah kerajaan yang mula dibuka pada awal tahun 1989. Pembukaan sekolah ini adalah dibawah usaha Cikgu Moses Koh Eng Luk dan Ketua Kampung Kiandongo Darat, Encik Mahir Rio. Hasil usaha yang berterusan, Sekolah Kebangsaan Kiandongo mula dibuka pada tahun 1989 dengan menggunakan bangunan pejabat dan bengkel kayu balak sebagai bangunan sekolah dan juga bilik guru.Pada waktu pembukaan sekolah ini, hanya 3 orang guru sahaja bertugas dengan pada waktu itu jawatan Guru Besar dipangku sementara oleh Cikgu Peter Sodom. Bilangan murid pada waktu itu adalah 94 orang sahaja.Kemudian Encik Justa Alin telah dilantik menjadi Guru Besar pertama sekolah ini.
Walaupun selepas melebihi 2 dekad, sekolah ini masih menggunakan bangunan tinggalan tersebut.Peranan dan sumbangan penduduk,pihak PIBG dan Yayasan Sabah telah banyak membaikpulih sekolah seperti membina bangunan tambahan bersebelahan bangunan asal sekolah ini. Namun demikian, pada akhir tahun 2008, sekolah ini mendapat kemudahan sistem solar hybrid yang banyak memberi manafaat kepada warga sekolah ini. Kesedaran penduduk terhadap kepentingan pelajaran kepada anak-anak mereka mula meningkat. Hasilnya sekolah ini mula menjadi pilihan penduduk untuk menghantar anak-anak mereka untuk sama-sama bersekolah di sini. Kebanyakan murid adalah mereka yang tinggal di Kampung Kiandongo dan Kampung Malagatan Kecil yang datangnya dari pelbagai etnik seperti Kadazan, Dusun, Sungai dan Mangkaak.
Pada penghujung 2012, SK Kiandongo telah menerima peruntukkan melebihi suku juta untuk membaikpulih bangunan lama, kuarters guru dan kantin sekolah. Melalui peruntukkan tersebut, sekolah ini telah mengalami perubahan fizikal dan memberi keselesaan para murid untuk belajar dalam keadaan yang lebih kondusif. Pada pertengahan Ogos 2013, Syarikat Corak Nakhoda telah bersetuju mendermakan tanah yang menempatkan sekolah ini secara sah.
